Las siguientes aplicaciones han sido instaladas y son mantenidas por el personal del Servicio de Supercomputación. Todas ellas constan de su correspondiente licencia de uso a nombre del Servicio de Supercomputación. Cualquier usuario que utilice estas aplicaciones se compromete a seguir las reglas de uso que aparecen en estas licencias.
En caso de que necesite otra aplicación no incluida en el listado inferior, puede sugerirnos su instalación, y estudiaremos si es viable.
Si usted desarrolla sus aplicaciones o pretende ejecutar diferentes aplicaciones de las abajo indicadas consulte cómo lanzar trabajos usando el sistema de colas.
Aplicaciones por áreas de conocimiento
| ACML | Conjunto de rutinas matemáticas optimizadas para procesadores AMD Opteron, que incluyen las bibliotecas BLAS, LAPACK y FFT, entre otras | |
| ARMCI | Biblioteca de propósito general, eficiente y portable para operaciones de acceso remoto a memoria (RMA) | |
| ATLAS
|
Implementación eficiente y portable de la biblioteca BLAS y de ciertas funciones de la biblioteca LAPACK | |
| BLACS
|
Las liberias BLACS incorporan rutinas de algebra lineal (Basic Linear Algebra Communication Subprograms) orientadas para el uso de paso de mensajes (MPI) a la hora de desarrollar aplicaciones de algebra lineal. | |
| BLAS
|
Biblioteca con funciones para realizar operaciones básicas con vectores y matrices | |
| Boost
|
Conjunto de bibliotecas para extender la funcionalidad de C++ | |
| CLHEP | Biblioteca para física de altas energías | |
| CUDA
|
Compilador y conjunto de herramientas para programación de GPU | |
| F2C
|
Transcompilador para convertir código Fortran 77 en código C | |
| FFTW
|
Librería de subrutinas en C para el cálculo de la transformada de Fourier rápida | |
| FLAME
|
Biblioteca de álgebra linear densa robusta, eficiente y sencilla de utilizar | |
| GASNet | Biblioteca de comunicación de alto rendimiento para implementar lenguajes SPMD con espacio de direcciones globales | |
| GMP
|
Biblioteca matemática para operaciones de precisión arbitraria | |
| GSL
|
Biblioteca númerica para programas C y C++ | |
| Geant4 | Conjunto de herramientas para simular el paso de partículas a través de materia | |
| Global Arrays Toolkit | Interfaz de programación para entornos distribuidos basado en un espacio de direcciones globales | |
| GotoBLAS
|
Implementación optimizada de la biblioteca BLAS | |
| GotoBLAS2
|
Implementación optimizada de la biblioteca BLAS | |
| HDF5
|
Formato de archivo y biblioteca para datos científicos | |
| Intel Compiler
|
Compilador de C/C++/Fortran optimizado para arquitecturas Intel | |
| LAPACK
|
Biblioteca en Fortran 90 para álgebra lineal | |
| MPC
|
Biblioteca C para aritmética con números complejos de gran precisión | |
| MPFR
|
Biblioteca C para operaciones de múltiple precisión en coma flotante | |
| MPI
|
API para programación paralela con el modelo de memoria distrubuida para C/C++ y Fortran | |
| MPJ Express | Implementación en Java de MPI | |
| NetCDF
|
Biblioteca para acceso a datos en arrays para C, Fortran, C++, Java y otros lenguajes | |
| OSKI | Biblioteca con primitivas para matrices dispersas automáticamente optimizadas | |
| OpenMP
|
API para programación paralela con el modelo de memoria compartida para C/C++ y Fortran | |
| Parallel NetCDF
|
Implementación paralela de NetCDF | |
| ScaLAPACK
|
Subconjunto de la biblioteca LAPACK diseñada para entornos de memoria distribuida | |
| SunStudio | Compiladores y herramientas de desarrollo para programas en C, C++ y Fortran de Sun Microsystems | |
| SuperLU
|
Biblioteca para la resolución directa de sistemas de ecuaciones lineares | |
| AMBER
|
Conjunto de aplicaciones orientadas a cálculos de mecánica y dinámica molecular de proteínas y ácidos nucléicos. | |
| BLASR
|
Aplicación para realizar alineamiento de secuencias de proteínas | |
| BLAST
|
Aplicación que permite realizar alineamientos de secuencias de proteínas y ácidos nucleicos. | |
| BioPerl
|
Conjunto de aplicaciones en PERL de utilidad en Biología. | |
| CP2K
|
Aplicación para realizar simulaciones a nivel atómico y molecular de sistemas en estado sólido, líquidos, moleculares y biológicos | |
| ClustalW | Programa para alineamiento múltiple de secuencias | |
| DOCK
|
Docking de proteínas y ácidos nucleicos. | |
| Desmond
|
Paquete software para simulaciones de dinámica molecular de sistemas biológicos | |
| ExaML | Código en MPI para el cálculo de la máxima verosimilitud para arquitecturas exaescalares (Exascale Maximum Likelihood) para inferencia filogenética | |
| GROMACS
|
Simulaciones de dinámica molecular de proteinas y ácido nucleicos. | |
| HMMER
|
Implementación de métodos HMM (modelos ocultos de Márkov) para análisis de secuencias biológicas | |
| LAMMPS
|
Programa de dinámica molecular | |
| MrBayes
|
Una aplicación filogenética de determinación de la similitud evolutiva de varias especies. | |
| NAMD
|
Aplicación orientada a dinámica molecular de proteínas y ácidos nucléicos. | |
| NWChem
|
Programa para realizar cálculos Ab-Initio de moléculas y sólidos, así como dinámica molecular. | |
| PhyML | Paquete software para estimar filogenias de máxima verosimilitud a partir de alineamientos de secuencias de nucleótidos o aminoácidos | |
| Ant
|
Herramienta de construcción de aplicaciones basada en Java y XML | |
| Berkeley Unified Parallel C | Compilador de la Universidad de Berkeley de Unified Parallel C | |
| CUDA
|
Compilador y conjunto de herramientas para programación de GPU | |
| Cilk | Lenguaje de programación paralela multihilo basado en ANSI C | |
| F2C
|
Transcompilador para convertir código Fortran 77 en código C | |
| G95
|
Compilador de Fortan 95 con varias optimizaciones e innovaciones, entre ellas Co-Array Fortran | |
| GCC
|
Compilador del proyecto GNU | |
| GCC UPC | Compilador de UPC del proyecto GNU | |
| HPCToolkit | Conjunto de herramientas para análisis del rendimiento de aplicaciones | |
| Intel Compiler
|
Compilador de C/C++/Fortran optimizado para arquitecturas Intel | |
| Java
|
Plataforma software para desarrollar aplicaciones multiplataforma | |
| MPI
|
API para programación paralela con el modelo de memoria distrubuida para C/C++ y Fortran | |
| MPJ Express | Implementación en Java de MPI | |
| Open64 | Compilador open-source optimizado para arquitecturas Itanium y x86-64 | |
| PathScale | Compilador de QLogic para obtener un alto redimiento en arquitecturas AMD64 | |
| Python
|
Python es un lenguaje de script independiente de plataforma y orientado a objetos, preparado para realizar cualquier tipo de programa. | |
| Ruby
|
Lenguaje de programación interpretado, reflexivo y orientado a objetos | |
| SunStudio | Compiladores y herramientas de desarrollo para programas en C, C++ y Fortran de Sun Microsystems | |
| Valgrind
|
Conjunto de herramientas para depuración y profiling de aplicaciones | |
| CLHEP | Biblioteca para física de altas energías | |
| CP2K
|
Aplicación para realizar simulaciones a nivel atómico y molecular de sistemas en estado sólido, líquidos, moleculares y biológicos | |
| Geant4 | Conjunto de herramientas para simular el paso de partículas a través de materia | |
| MM5 | Conjunto de aplicaciones orientadas a la simulación atmosférica. | |
| NetCDF
|
Biblioteca para acceso a datos en arrays para C, Fortran, C++, Java y otros lenguajes | |
| Quantum Espresso
|
Programa de cálculo de estructuras cristalinas basado en ondas planas. | |
| SIESTA
|
SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousand of Atoms) se refiere a un método y a su implementación en un programa, para realizar cálculos de estructura electrónica y dinámica molecular. | |
| WRF
|
WRF (Weather Research and Forecast) es un sistema de predicción meteorológica de mesoescala adecudo tanto para la predicción como para la investigación meteorológica | |
| ACML | Conjunto de rutinas matemáticas optimizadas para procesadores AMD Opteron, que incluyen las bibliotecas BLAS, LAPACK y FFT, entre otras | |
| ATLAS
|
Implementación eficiente y portable de la biblioteca BLAS y de ciertas funciones de la biblioteca LAPACK | |
| BLACS
|
Las liberias BLACS incorporan rutinas de algebra lineal (Basic Linear Algebra Communication Subprograms) orientadas para el uso de paso de mensajes (MPI) a la hora de desarrollar aplicaciones de algebra lineal. | |
| BLAS
|
Biblioteca con funciones para realizar operaciones básicas con vectores y matrices | |
| FFTW
|
Librería de subrutinas en C para el cálculo de la transformada de Fourier rápida | |
| FLAME
|
Biblioteca de álgebra linear densa robusta, eficiente y sencilla de utilizar | |
| GAP
|
Sistema para álgebra computacional discreta, con énfasis especial en la Teoría de Grupos Computacional | |
| GMP
|
Biblioteca matemática para operaciones de precisión arbitraria | |
| GSL
|
Biblioteca númerica para programas C y C++ | |
| GotoBLAS
|
Implementación optimizada de la biblioteca BLAS | |
| GotoBLAS2
|
Implementación optimizada de la biblioteca BLAS | |
| Intel MKL | Biblioteca de rutinas matemáticas optimizadas para ciencia, ingeniería y aplicaciones financieras | |
| LAPACK
|
Biblioteca en Fortran 90 para álgebra lineal | |
| MPC
|
Biblioteca C para aritmética con números complejos de gran precisión | |
| MPFR
|
Biblioteca C para operaciones de múltiple precisión en coma flotante | |
| Macaulay2 | Aplicación para geometría algebraica y álgebra conmutativa | |
| OSKI | Biblioteca con primitivas para matrices dispersas automáticamente optimizadas | |
| Octave
|
Octave es un programa libre para realizar cálculos numéricos orientado al análisis numérico. | |
| R
|
Entorno para cálculo y generación de gráficos estadísticos | |
| SINGULAR
|
Sistema de álgebra computacional para cálculos con polinomios | |
| ScaLAPACK
|
Subconjunto de la biblioteca LAPACK diseñada para entornos de memoria distribuida | |
| SuperLU
|
Biblioteca para la resolución directa de sistemas de ecuaciones lineares | |
| ABINIT
|
Una aplicación destinada a cálculos DFT usando pseudopotenciales orientada al estudio de sistemas periódicos. | |
| ACES III | Un progama de cálculo mecanocuántico especializado en métodos perturbativos \\\»Coupled Cluster\\\» | |
| AMBER
|
Conjunto de aplicaciones orientadas a cálculos de mecánica y dinámica molecular de proteínas y ácidos nucléicos. | |
| BLAST
|
Aplicación que permite realizar alineamientos de secuencias de proteínas y ácidos nucleicos. | |
| CP2K
|
Aplicación para realizar simulaciones a nivel atómico y molecular de sistemas en estado sólido, líquidos, moleculares y biológicos | |
| CPMD
|
Programa orientado a dinámica molecular ab-initio usando el método Car-Parrinello. | |
| CSD
|
Base de datos que contiene la estructuras cristalográficas de compuestos orgánicos y organometálicos. | |
| DOCK | Docking de proteínas y ácidos nucleicos. | |
| Dalton
|
Conjunto de programas de química computacional. | |
| GAMESS
|
Cálculo Ab-Initio de moléculas. | |
| GAUSSIAN
|
Química cuántica (ab-initio HF, DFT) | |
| GROMACS
|
Simulaciones de dinámica molecular de proteinas y ácido nucleicos. | |
| HMMER
|
Implementación de métodos HMM (modelos ocultos de Márkov) para análisis de secuencias biológicas | |
| LAMMPS
|
Programa de dinámica molecular | |
| MrBayes
|
Una aplicación filogenética de determinación de la similitud evolutiva de varias especies. | |
| NAMD
|
Aplicación orientada a dinámica molecular de proteínas y ácidos nucléicos. | |
| NWChem
|
Programa para realizar cálculos Ab-Initio de moléculas y sólidos, así como dinámica molecular. | |
| ORCA
|
Paquete de quimica computacional paralelizado con MPI orientado a moleculas pesadas y obtención de propiedades espectroscópicas | |
| Quantum Espresso
|
Programa de cálculo de estructuras cristalinas basado en ondas planas. | |
| SIESTA
|
SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousand of Atoms) se refiere a un método y a su implementación en un programa, para realizar cálculos de estructura electrónica y dinámica molecular. | |
| BayesTraits | Programa de análisis filogenético | |
| Blender
|
Programa para modelado, animación y creación de gráficos. | |
| Modules
|
Paquete para modificar de forma dinámica y sencilla el entorno de usuario | |
Arquitectura de ALHAMBRA 
Arquitectura de ALBAICÍN 