Software específico

Gaussian v.09

Gaussian 03 es un programa de cálculo ab-initio de la estructura electrónica molecular, capaz de calcular energías, frecuencias de vibración, estados de transión, estados excitados así como una gran cantidad de propiedades moleculares

Enlace a la web oficial

Iniciar nueva sesión

Puede iniciar una sesión de Gaussian desde la línea de comandos, abre una terminal y escribe el comando g09
Módulo de Gaussian
```
g09
```
Esto iniciará la sesión de Gaussian y te permitirá utilizar los comandos desde la línea de comandos.

Crear un archivo de entrada

También puede realizar un cálculo en Gaussian desde la línea de comandos mediante script, primero debes crear un archivo de entrada que contenga la información de la molécula que deseas estudiar. El archivo de entrada debe tener una extensión determinada .dat, .com, .gjf. Puedes crear este archivo utilizando cualquier editor de texto, como el Bloc de notas en Windows o el TextEdit en Mac.
Escribir la información de la molécula. Dentro del archivo de entrada, escribe la información de la molécula que deseas estudiar. Esto incluye el nombre de la molécula, la geometría molecular y cualquier otra información relevante.
Especificar el método de cálculo. Para realizar un cálculo en Gaussian desde la línea de comandos, debes especificar el método de cálculo que deseas utilizar. Esto se hace utilizando una línea de comando en el archivo de entrada. Algunos ejemplos de métodos de cálculo incluyen B3LYP, MP2 y CCSD(T). La línea de comando se escribe en el archivo de entrada después de la línea que especifica la geometría molecular. En este ejemplo, #P B3LYP/6-31G(d) Opt especifica el método de cálculo a utilizar.
Archivo de entrada de Gaussian
```
      #P B3LYP/6-31G(d) Opt
      nombre de la molécula
      0 1
      atomo1 x1 y1 z1
      atomo2 x2 y2 z2
      ...
```

Ejecutar el cálculo

Una vez que hayas creado el archivo de entrada y especificado el método de cálculo, puedes ejecutar el cálculo en Gaussian desde la línea de comandos.
Ejecutar cálculo de Gaussian
```
sg09 archivo_de_entrada
```

Orca v.5.0.2

Orca es un programa de química cuántica que se utiliza para realizar cálculos de estructura molecular, dinámica molecular, reacciones químicas y espectroscopia, entre otros. Es uno de los programas de química cuántica más utilizados en la actualidad debido a su facilidad de uso y su capacidad para realizar cálculos de alta precisión.

Enlace a la web oficial

Iniciar nueva sesión

Iniciar una nueva sesión: Para iniciar una sesión de Orca desde la línea de comandos, abre una terminal y escribe el comando orca. Esto iniciará la sesión de Orca y te permitirá utilizar los comandos desde la línea de comandos.
Módulo de Orca
```
orca
```

Crear un archivo de entrada

También puede realizar un cálculo en Orca desde la línea de comandos mediante un archivo de entrada. Para realizar un cálculo en Orca desde la línea de comandos, primero debes crear un archivo de entrada que contenga la información de la molécula que deseas estudiar. El archivo de entrada debe tener una extensión .inp. Puedes crear este archivo utilizando cualquier editor de texto, como el Bloc de notas en Windows o el TextEdit en Mac
Escribir la información de la molécula. Dentro del archivo de entrada, escribe la información de la molécula que deseas estudiar. Esto incluye el nombre de la molécula, la geometría molecular y cualquier otra información relevante.
Especificar el método de cálculo. Para realizar un cálculo en Orca desde la línea de comandos, debes especificar el método de cálculo que deseas utilizar. Esto se hace utilizando una línea de comando en el archivo de entrada. Algunos ejemplos de métodos de cálculo incluyen B3LYP, MP2 y CCSD(T). La línea de comando se escribe en el archivo de entrada después de la línea que especifica la geometría molecular. En este ejemplo, ! B3LYP 6-31G* especifica el método de cálculo a utilizar.
Archivo de entrada de Orca
```
      ! B3LYP 6-31G*
      ! Def2TZVP def2TZVP/J TightSCF
      ! RIJCOSX
      %MaxCore 4000
      %pal nprocs 16 end
      %output
      Print[P_Basis] 2
      Print[SCF_Guess] 2
      End
      *xyz 0 1
      atomo1 x1 y1 z1
      atomo2 x2 y2 z2
      ...
```

Ejecutar el cálculo

Una vez que hayas creado el archivo de entrada y especificado el método de cálculo, puedes ejecutar el cálculo en Orca desde la línea de comandos.

Ejecutar cálculo de Orca

sorca5 archivo_de_entrada particion nprocesadores

PhyloNet

PhyloNet se basa en un método bayesiano que toma muestras de la parte posterior de las redes filogenéticas y sus parámetros asociados a partir de datos bialélicos. Ayuda a los usuarios a investigar grandes conjuntos de datos, así como a estudiar el rendimiento de los métodos de reconstrucción de redes evolutivas. Esta herramienta permite una representación compacta de las redes evolutivas.

Enlace a la web oficial

Crear un archivo de entrada

Para ejecutar PhyloNet, necesitas un archivo de entrada que contenga la información de las secuencias de ADN o ARN de las especies que deseas analizar. El archivo de entrada debe estar en formato NEXUS o NEWICK. Puedes crear este archivo utilizando cualquier editor de texto, como el Bloc de notas en Windows o el TextEdit en Mac.

Escribir el archivo de comandos. El archivo de comandos es un archivo de texto que contiene las instrucciones para ejecutar PhyloNet. Este archivo debe estar en formato NEXML y puede incluir la especificación de los modelos de evolución y la configuración del análisis. El archivo de comandos también puede incluir comandos para el análisis de los resultados del análisis. Por ejemplo:

Archivo de entrada de PhyloNet

      <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
      <nettaxa name="MyNetwork" datatype="dna">
      <taxa>
      <taxon id="A">A</taxon>
      <taxon id="B">B</taxon>
      <taxon id="C">C</taxon>
      <taxon id="D">D</taxon>
      </taxa>
      <net id="MyNetwork" inferredRoot="true">
      <taxonset id="A" spec="TaxonSet" required="true">
      <taxon idref="A"/>
      </taxonset>
      <taxonset id="B" spec="TaxonSet" required="true">
      <taxon idref="B"/>
      </taxonset>
      <taxonset id="C" spec="TaxonSet" required="true">
      <taxon idref="C"/>
      </taxonset>
      <taxonset id="D" spec="TaxonSet" required="true">
      <taxon idref="D"/>
      </taxonset>
      <edge source="A" target="C"/>
      <edge source="A" target="D"/>
      <edge source="B" target="C"/>
      <edge source="B" target="D"/>
      </net>
      </nettaxa>

Ejecutar el cálculo

Una vez que hayas preparado el archivo de entrada y el archivo de comandos, puedes ejecutar el análisis de PhyloNet desde la línea de comandos
Ejecutar cálculo de PhyloNet
```
sphylonet archivo_de_entrada
```

Siesta v.4.1.5

SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousand of Atoms) se refiere a un método y a su implementación en un programa, para realizar cálculos de estructura electrónica y dinámica molecular.

Enlace a la web oficial

Crear un archivo de entrada

Para ejecutar SIESTA desde la línea de comandos, necesitas preparar dos archivos de entrada: uno que contenga la información sobre la geometría del sistema y otro que contenga información sobre la configuración de los cálculos.
Escribir el archivo de comandos. El archivo de comandos es un archivo de texto que contiene las instrucciones para ejecutar PhyloNet. Este archivo debe estar en formato NEXML y puede incluir la especificación de los modelos de evolución y la configuración del análisis. El archivo de comandos también puede incluir comandos para el análisis de los resultados del análisis. Por ejemplo:
El archivo de geometría describe la posición de los átomos y los enlaces entre ellos. Debe estar en formato de archivo de texto plano, como el formato XYZ o CIF. También puedes utilizar un archivo PDB o mol2. Asegúrate de que la información sobre la geometría del sistema sea precisa, ya que esto puede afectar los resultados del cálculo.
El archivo de configuración describe los parámetros del cálculo, como el tipo de función de onda, el número de k-puntos y el número de estados ocupados. Este archivo debe estar en formato de archivo de texto plano y contener una lista de las opciones de configuración utilizadas para el cálculo. Puedes utilizar un archivo de configuración existente o crear uno nuevo desde cero.

Ejecutar el cálculo

Una vez que hayas preparado los archivos de entrada, puedes ejecutar el cálculo de SIESTA desde la línea de comandos utilizando el siguiente comando
Ejecutar cálculo de Siesta
```
ssiesta archivo_de_configuracion particion nprocesadores
```