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Gestión de aplicaciones

Los usuarios de supercomputación disponen de una serie de aplicaciones científicas de diversas áreas ya instaladas y listas para usar. Asimismo, para aquellos usuarios que deseen construir y/u optimizar aplicaciones por sí mismos, se proporciona un conjunto de herramientas y bibliotecas de desarrollo (compiladores, bibliotecas matemáticas, bibliotecas de paso de mensajes, etc.).


Módulos disponibles

Para ver que módulos se encuentran disponibles puede usar el siguiente comando:

Mostrar módulos disponibles
module av

Herramientas de desarrollo

Estas son algunas de las herramientas con las que el usuario puede compilar, trazar y linkar sus aplicaciones. Los compiladores de Intel están optimizados para la arquitectura de las distintas plataformas que ofrecemos.

  • Ant
  • Berkeley Unified Parallel C
  • CUDA
  • Cilk
  • F2C
  • G95
  • GCC
  • GCC UPC
  • HPCToolkit
  • Intel Compiler
  • Java
  • MPI
  • MPJ Express
  • Open64
  • PathScale
  • Python
  • Ruby
  • SunStudio
  • Valgrind

Listado de aplicaciones

Las siguientes aplicaciones han sido instaladas y son mantenidas por el personal del Servicio de Supercomputación. Todas ellas constan de su correspondiente licencia de uso a nombre del Servicio de Supercomputación. Cualquier usuario que utilice estas aplicaciones se compromete a seguir las reglas de uso que aparecen en estas licencias.

Nota

En caso de que necesite otra aplicación no incluida en el listado inferior, puede sugerirnos su instalación, y estudiaremos si es viable.

Si usted desarrolla sus aplicaciones o pretende ejecutar diferentes aplicaciones de las abajo indicadas consulte cómo lanzar trabajos usando el sistema de colas.

Software Arquitectura
adios/1.13.1 Albaicín
arpack-ng/3.7.0-foss-2020a Albaicín
Autoconf/2.69-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Automake/1.16.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
autotools Albaicín
Autotools/20180311-GCCcore-9.3.0 Albaicín
BamTools/2.5.1-GCC-9.3.0 Albaicín
bcbio-gff/0.6.6-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
BCFtools/1.12-GCC-9.3.0 Albaicín
BEDTools/2.29.2-GCC-9.3.0 Albaicín
binutils/2.34 Albaicín
binutils/2.34-GCCcore-9.3.0 Albaicín
biom-format/2.1.10-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
BioPerl/1.7.7-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Biopython/1.78-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
Bison/3.5.3-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Bison/3.8.2 Albaicín
BLAST+/2.10.1-gompi-2020a Albaicín
BLIS/2.2-GCCcore-9.3.0-amd Albaicín
Boost.Python/1.72.0-gompi-2020a Albaicín
Boost/1.72.0-gompi-2020a Albaicín
boost/1.75.0 Albaicín
Bowtie2/2.4.2-GCC-9.3.0 Albaicín
bzip2/1.0.8-GCCcore-9.3.0 Albaicín
cairo/1.16.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
CD-HIT/4.8.1-GCC-9.3.0 Albaicín
charliecloud/0.15 Albaicín
CLISP/2.49-GCCcore-9.3.0 Albaicín
CMake/3.16.4-GCCcore-9.3.0 Albaicín
cmake/3.19.4 Albaicín
CMSeq/1.0.3-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
CP2K/7.1-foss-2020a Albaicín
cURL/7.69.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
cutadapt/2.10-GCCcore-9.3.0-Python-3.8.2 Albaicín
DB_File/1.835-GCCcore-9.3.0 Albaicín
DB/18.1.32-GCCcore-9.3.0 Albaicín
DBus/1.13.12-GCCcore-9.3.0 Albaicín
DendroPy/4.4.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
DFTD4/dftd4-3.5 Albaicín
DIAMOND/2.0.4-GCC-9.3.0 Albaicín
dimemas/5.4.2 Albaicín
double-conversion/3.1.5-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Doxygen/1.8.17-GCCcore-9.3.0 Albaicín
EasyBuild/4.6.2 Albaicín
Eigen/3.3.7-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Eigen/3.4.0 Albaicín
ELPA/2020.11.001-foss-2020a Albaicín
expat/2.2.9-GCCcore-9.3.0 Albaicín
extrae/3.7.0 Albaicín
FastTree/2.1.11-GCCcore-9.3.0 Albaicín
fftw/3.3.8 Albaicín
FFTW/3.3.8-GCC-9.3.0-serial Albaicín
FFTW/3.3.8-gompi-2020a Albaicín
flex/2.6.4 Albaicín
flex/2.6.4-GCCcore-9.3.0 Albaicín
FLTK/1.3.5-GCCcore-9.3.0 Albaicín
fontconfig/2.13.92-GCCcore-9.3.0 Albaicín
foss/2020a Albaicín
freeglut/3.2.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
FreeSurfer/7.3.2 Albaicín
freetype/2.10.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
FriBidi/1.0.9-GCCcore-9.3.0 Albaicín
FSL/6.0.5.2 Albaicín
g09 Albaicín
gc/7.6.12-GCCcore-9.3.0 Albaicín
GCC/9.3.0 Albaicín
GCCcore/9.3.0 Albaicín
gettext/0.20.1 Albaicín
gettext/0.20.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Ghostscript/9.52-GCCcore-9.3.0 Albaicín
git/2.23.0-GCCcore-9.3.0-nodocs Albaicín
GL2PS/1.4.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
GLib/2.64.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
GLM/0.9.9.8-GCCcore-9.3.0 Albaicín
GLPK/4.65-GCCcore-9.3.0 Albaicín
GMP/6.2.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
gnu9/9.3.0 Albaicín
gnuplot/5.2.8-GCCcore-9.3.0 Albaicín
GObject-Introspection/1.64.0-GCCcore-9.3.0-Python-3.8.2 Albaicín
gompi/2020a Albaicín
gperf/3.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
GraphicsMagick/1.3.36-foss-2020a Albaicín
groff/1.22.4-GCCcore-9.3.0 Albaicín
GROMACS/gromacs-2023 Albaicín
gsl/2.6 Albaicín
GSL/2.6-GCC-9.3.0 Albaicín
Guile/1.8.8-GCCcore-9.3.0 Albaicín
gzip/1.10-GCCcore-9.3.0 Albaicín
h5py/2.10.0-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
HarfBuzz/2.6.4-GCCcore-9.3.0 Albaicín
hdf5/1.10.6 Albaicín
HDF5/1.10.6-gompi-2020a Albaicín
HDF5/1.12.0-gompi-2020a Albaicín
help2man/1.47.12-GCCcore-9.3.0 Albaicín
HTSlib/1.10.2-GCC-9.3.0 Albaicín
HTSlib/1.12-GCC-9.3.0 Albaicín
humann/humann-3.6.1 Albaicín
hwloc/2.1.0 Albaicín
hwloc/2.2.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
hypre/2.18.1 Albaicín
ICU/66.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
ImageMagick/7.0.10-1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
imb/2019.6 Albaicín
intltool/0.51.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
IQ-TREE/2.1.2-foss-2020a Albaicín
JasPer/2.0.14-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Java/11.0.2 Albaicín
Julia/1.8.2-linux-x86_64 Albaicín
kallisto/0.46.2-foss-2020a Albaicín
Kraken/1.1.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libcerf/1.13-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libdrm/2.4.100-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libevent/2.1.11-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libfabric/1.11.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libfabric/1.11.2 Albaicín
libffcall/2.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libffi/3.3-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libFLAME/2.2-GCCcore-9.3.0-amd Albaicín
libgd/2.3.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libGLU/9.0.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libglvnd/1.2.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libiconv/1.16-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libidn2/2.3.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Libint/2.6.0-gompi-2020a-lmax-6-cp2k Albaicín
libjpeg-turbo/2.0.4-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libmatheval/1.1.11-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libpciaccess/0.16-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libpng/1.6.37-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libreadline/8.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libsigsegv/2.12-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libsndfile/1.0.28-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libsodium/1.0.18-GCCcore-9.3.0 Albaicín
LibTIFF/4.1.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libtool/2.4.6-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libunistring/0.9.10-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libunwind/1.3.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libxc/4.3.4-GCC-9.3.0 Albaicín
libxml2/2.9.10-GCCcore-9.3.0 Albaicín
libxsmm/1.16.1-GCC-9.3.0 Albaicín
likwid/5.0.1 Albaicín
LittleCMS/2.9-GCCcore-9.3.0 Albaicín
LLVM/9.0.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
LMDB/0.9.24-GCCcore-9.3.0 Albaicín
LSD2/1.9.7-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Lua/5.3.5-GCCcore-9.3.0 Albaicín
lz4/1.9.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
M4/1.4.18-GCCcore-9.3.0 Albaicín
M4/1.4.19 Albaicín
MAFFT/7.453-GCC-9.3.0-with-extensions Albaicín
MAFFT/7.453-gompi-2020a-with-extensions Albaicín
MAGMA/1.09b-GCC-9.3.0 Albaicín
make/4.3-GCCcore-9.3.0 Albaicín
makeinfo/6.7-GCCcore-9.3.0-minimal Albaicín
Mako/1.1.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
MATIO/1.5.19-GCCcore-9.3.0 Albaicín
matplotlib/3.2.1-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
maxima Albaicín
MCL/14.137-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Mesa/20.0.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Meson/0.55.1-GCCcore-9.3.0-Python-3.8.2 Albaicín
MetaPhlAn/3.0.9-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
metis/5.1.0 Albaicín
METIS/5.1.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
mfem/4.2 Albaicín
Miniconda3/4.9.2 Albaicín
mpich/3.3.2-ofi Albaicín
mpich/3.3.2-ucx Albaicín
mpich/3.3.2-ucx Albaicín
mumps/5.2.1 Albaicín
MUSCLE/3.8.31-GCCcore-9.3.0 Albaicín
mvapich2/2.3.4 Albaicín
mvapich2/2.3.4 Albaicín
NASM/2.14.02-GCCcore-9.3.0 Albaicín
ncurses/6.1 Albaicín
ncurses/6.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
netcdf-cxx/4.3.1 Albaicín
netcdf-fortran/4.5.2 Albaicín
netCDF-Fortran/4.5.2-gompi-2020a Albaicín
netcdf/4.7.3 Albaicín
netCDF/4.7.4-gompi-2020a Albaicín
NetLogo/6.2.0-64 Albaicín
nettle/3.6-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Ninja/1.10.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
NLopt/2.6.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
NSPR/4.25-GCCcore-9.3.0 Albaicín
NSS/3.51-GCCcore-9.3.0 Albaicín
numactl/2.0.13-GCCcore-9.3.0 Albaicín
nwchem-7.0.2 Albaicín
Octave/6.2.0-foss-2020a Albaicín
ohpc Albaicín
omb/5.6.2 Albaicín
omb/5.6.2 Albaicín
openblas/0.3.7 Albaicín
OpenBLAS/0.3.9-GCC-9.3.0 Albaicín
opencoarrays/2.9.2 Albaicín
opencoarrays/2.9.2 Albaicín
OpenMPI/4.0.3-GCC-9.3.0 Albaicín
openmpi4/4.0.5 Albaicín
OpenPGM/5.2.122-GCCcore-9.3.0 Albaicín
orca Albaicín
os Albaicín
Pango/1.44.7-GCCcore-9.3.0 Albaicín
papi/5.7.0 Albaicín
parallel/20200522-GCCcore-9.3.0 Albaicín
ParMETIS/4.0.3-gompi-2020a Albaicín
PCRE/8.44-GCCcore-9.3.0 Albaicín
PCRE2/10.34-GCCcore-9.3.0 Albaicín
pdtoolkit/3.25.1 Albaicín
Perl/5.30.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Perl/5.30.2-GCCcore-9.3.0-minimal Albaicín
petsc/3.14.4 Albaicín
petsc/3.14.4 Albaicín
phdf5/1.10.6 Albaicín
phdf5/1.10.6 Albaicín
PhyloPhlAn/3.0-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
pixman/0.38.4-GCCcore-9.3.0 Albaicín
pkg-config/0.29.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
pkgconfig/1.5.1-GCCcore-9.3.0-Python-3.8.2 Albaicín
plasma/2.8.0 Albaicín
PLUMED/2.6.0-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
PMIx/3.1.5-GCCcore-9.3.0 Albaicín
pnetcdf/1.12.1 Albaicín
PnetCDF/1.12.1-gompi-2020a Albaicín
poetry/1.0.9-GCCcore-9.3.0-Python-3.8.2 Albaicín
PRANK/170427-GCC-9.3.0 Albaicín
protobuf/3.13.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
prun/2.1 Albaicín
ptscotch/6.0.6 Albaicín
py3-mpi4py/3.0.3 Albaicín
py3-numpy/1.19.0 Albaicín
py3-scipy/1.5.1 Albaicín
pybind11/2.4.3-GCCcore-9.3.0-Python-3.8.2 Albaicín
Pysam/0.16.0.1-GCC-9.3.0 Albaicín
Python/2.7.18-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Python/3.8.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
QIIME2/2021.8 Albaicín
qrupdate/1.1.2-foss-2020a Albaicín
R/3.6.3 Albaicín
R/4.0.0-foss-2020a Albaicín
re2c/1.3-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Roary/3.13.0-foss-2020a Albaicín
SAMtools/1.10-GCC-9.3.0 Albaicín
SAMtools/1.12-GCC-9.3.0 Albaicín
scalapack/2.1.0 Albaicín
ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020a Albaicín
ScaLAPACK/2.2-gompi-2020a-amd Albaicín
scalasca/2.5 Albaicín
SciPy-bundle/2020.03-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
scorep/6.0 Albaicín
scotch/6.0.6 Albaicín
SCOTCH/6.0.9-gompi-2020a Albaicín
Seaborn/0.10.1-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
SEPP/4.3.10-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
siesta Albaicín
Singular/4.3.0 Albaicín
singularity/3.7.1 Albaicín
sionlib/1.7.4 Albaicín
sklearn-som/1.1.0-foss-2020a Albaicín
slepc/3.14.2 Albaicín
snappy/1.1.8-GCCcore-9.3.0 Albaicín
SQLite/3.31.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
STAR/2.7.7a-GCC-9.3.0 Albaicín
strainviz/StrainViz-1.1 Albaicín
SuiteSparse/5.7.1-foss-2020a-METIS-5.1.0 Albaicín
superlu_dist/6.1.1 Albaicín
superlu/5.2.1 Albaicín
SWIG/4.0.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Szip/2.1.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
tabixpp/1.1.0-GCC-9.3.0 Albaicín
tau/2.29 Albaicín
tbb/2020.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Tcl/8.6.10-GCCcore-9.3.0 Albaicín
texinfo/6.7-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Tk/8.6.10-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Tkinter/3.8.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
Trilinos/12.12.1-foss-2020a-Python-3.8.2 Albaicín
trilinos/13.0.0 Albaicín
trimAl/1.4.1-GCCcore-9.3.0 Albaicín
UCX/1.8.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
ucx/1.9.0 Albaicín
UDUNITS/2.2.26-foss-2020a Albaicín
UnZip/6.0-GCCcore-9.3.0 Albaicín
USEARCH/11.0.667-i86linux32 Albaicín
util-linux/2.35-GCCcore-9.3.0 Albaicín
valgrind/3.16.1 Albaicín
wget/1.20.3-GCCcore-9.3.0 Albaicín
X11/20200222-GCCcore-9.3.0 Albaicín
XML-LibXML/2.0205-GCCcore-9.3.0 Albaicín
xorg-macros/1.19.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
xprop/1.2.4-GCCcore-9.3.0 Albaicín
XZ/5.2.5-GCCcore-9.3.0 Albaicín
yaml-cpp/0.6.3-GCCcore-9.3.0 Albaicín
ZeroMQ/4.3.2-GCCcore-9.3.0 Albaicín
zlib/1.2.11 Albaicín
zlib/1.2.11-GCCcore-9.3.0 Albaicín
zstd/1.4.4-GCCcore-9.3.0 Albaicín